Varsinais-Suomen liitto on osapuolena Pohjoismaisessa saaristoyhteistyössä, jota osarahoittaa Pohjoismaiden ministerineuvosto. Yhteistyö nivoo yhteen Tukholman saariston, Ahvenanmaan ja Etelä-Suomen saaristot Varsinais-Suomesta Uudenmaan kautta Kymenlaaksoon.
Suomesta sopimusosapuolina toimivat Varsinais-Suomen liitto, Varsinais-Suomen Ely-keskus, Uudenmaan liitto, Uudenmaan Ely-keskus ja Kymenlaakson liitto. Tukholman alueelta mukana ovat muun muassa Stockholms läns landsting ja Stockholms länsstyrelse. Ahvenanmaata edustavat Ahvenanmaan maakuntahallitus ja Ahvenanmaan saaristokunnat.
Korkeinta päätösvaltaa yhteistyössä pitää neuvosto, joka kokoontuu kerran vuodessa. Varsinais-Suomea neuvostossa edustavat Varsinais-Suomen liiton edustajat sekä suurimpien maksuosuuteen sitoutuneiden kuntien, Paraisten, Kemiönsaaren ja Naantalin edustajat, yksi edustaja ja varaedustaja kustakin tahosta. Edustajat nimetään kuntavaalikausittain.
Maakuntahallitus valitsi Varsinais-Suomen liiton edustajaksi Pohjoismaisen saaristoyhteistyön neuvostoon maakuntajohtaja Kari Häkämiehen ja hänen varajäsenekseen aluekehitysjohtaja Tarja Nuotion.
Paraisten edustajaksi valitaan kaupunginjohtaja Patrik Nygrén (varajäsen Benjamin Donner), Kemiönsaaren edustajaksi elinkeinopäällikkö Erik Lund ja (Sven Ivars) ja Naantalin kaupungin edustajaksi kaupunginvaltuutettu Tommy Björkskog ja (Tiina Rinne-Kylänpää).